De nombreux massacres de civils ou crimes de guerre ont été perpétrés au cours du conflit, en

Exactions et crimes de guerre
Comme le montre ce graphique, plus de la moitié des victimes furent des civils
Sur le théâtre d’opération européen
Article détaillé : Crimes de guerre de la Wehrmacht.

De nombreux massacres de civils ou crimes de guerre ont été perpétrés au cours du conflit, en particulier par les Einsatzgruppen sur le front de l'Est, mais aussi de façon plus générale par la Wehrmacht et les SS. Dès le 20 octobre 1943, les Alliés mettaient en place la « Commission des crimes de guerre des Nations unies » chargée d'enquêter sur les crimes de guerre commis par l'Axe. Une semaine plus tard, la Déclaration de Moscou énonçait la volonté de traquer les criminels de guerre nazis « jusqu'aux confins de la terre ». Non lié à l'ONU (qui ne fut fondé qu'en 1945), celle-là fut assistée à partir de mars 1945 par CROWCASS, chargé par le SHAEF d'établir une liste des criminels de guerre nazis. Cette volonté présida à l'instauration du tribunal de Nuremberg, jugeant les plus hauts responsables nazis encore vivants. CROWCASS fut cependant rapidement dépassé, la volonté initiale de traque contre les criminels de guerre cédant dès 1945 à d'autres priorités, marquées en particulier par l'éclatement de la guerre froide en 1947.

Parmi les divers crimes de guerre, on peut citer :

    les expériences pseudo-médicales de nombreux médecins nazis dans les camps de concentration, notamment du docteur Mengele ;

    en France (massacres commis par les nazis, ayant touché plus de 30 000 personnes) :
        exécutions d’otages par les Allemands à Châteaubriant, à Paris, à Lyon, à Limoges, etc. à partir de l’automne 1941. L’historien Serge Klarsfeld a établi la liste de 1007 otages et résistants fusillés au Mont-Valérien près de Paris, dont 117 étaient juifs,
        massacre d'Oradour-sur-Glane, le plus important avec 654 victimes dont des femmes et des enfants, exécuté par la division SS Das Reich. Il y eut 4 rescapés,
        massacres à Ascq, à Tulle, à Maillé, à Buchères, à Étobon, à Saint-Pierre-de-Clairac etc. perpétrés par les SS,
        torture et massacre des civils et des combattants du maquis du Vercors, par des unités de la Wehrmacht et les miliciens de Joseph Darnand (juillet 1944),
        persécutions sur les membres de familles de Français partis combattre ou restés au pays, comme Geneviève de Gaulle, nièce du général, envoyée en camp de concentration.